I Musei Capitolini sono il principale museo civico comunale di Roma e fanno parte del "Sistema dei Musei in comune". Si parla di "musei", al plurale, in quanto alla originaria raccolta di sculture antiche fu aggiunta da Benedetto XIV, nel XVIII secolo, la Pinacoteca, di soggetti prevalentemente romani.

La sede storica dei Capitolini è costituita dal Palazzo dei Conservatori e dal Palazzo Nuovo, edifici che affacciano sulla michelangiolesca Piazza del Campidoglio.

La creazione del museo può essere fatta risalire al 1471, quando Papa Sisto IV donò alla città una collezione di importanti bronzi provenienti dal Laterano (tra i quali la Lupa capitolina), che fece collocare nel cortile del Palazzo dei Conservatori e sulla piazza del Campidoglio: ciò lo rende il più antico museo pubblico al mondo.

La raccolta antiquaria si arricchì nel tempo con donazioni di vari papi (Paolo III, Pio V che voleva espellere dal Vaticano le sculture pagane), e fu meglio allocata con la costruzione del Palazzo Nuovo nel 1654.

Il museo fu aperto a visite pubbliche per volere di Papa Clemente XII quasi un secolo più tardi, nel 1734. Il suo successore, Benedetto XIV, inaugurò la Pinacoteca capitolina, acquisendo le collezioni private della famiglia Sacchetti e della famiglia Pio.

Dagli scavi condotti dopo l'Unità d'Italia per i lavori di Roma capitale emersero grandi quantità di nuovi materiali, che, raccolti nel Magazzino Archeologico Comunale, in seguito denominato Antiquarium, furono nel tempo parzialmente esposti ai Capitolini.

Nel 1997 è stata aperta una sede distaccata nell'ex Centrale Termoelettrica Giovanni Montemartini nel quartiere Ostiense, creando una soluzione originale di fusione tra archeologia industriale e classica.

Oggi i Musei Capitolini fanno parte del Sistema dei Musei in comune.

Nel dicembre del 2005 è stata inaugurata una nuova ala che con un'aula vetrata, la già citata Esedra di Marco Aurelio, allarga lo spazio espositivo dei Musei. Con la copertura del Giardino Romano, è stato ricavato questo nuovo spazio che ospita ora la statua di Marco Aurelio, i frammenti del colosso bronzeo di Costantino e la statua di Ercole. Il progetto è di Carlo Aymonino e prevede anche la nuova sistemazione delle fondazioni del tempio di Giove Capitolino.

Nelle sale adiacenti sono sistemate le vetrine della Collezione Castellani, donata al Comune di Roma da Augusto Castellani. L'apertura di questa nuova ala fa parte di un più vasto progetto ("Grande Campidoglio") di risistemazione ed ampliamento dei musei, che ha visto l'allestimento della Galleria Lapidaria (chiusa diversi anni prima per lavori di ristrutturazione), l'acquisizione di Palazzo Clementino, ora sede del Medagliere Capitolino (collezione di numismatica), e la risistemazione del Palazzo Caffarelli.